Bactérias e fungos podem ser detectados por diferentes métodos, sendo por cultivo em placa (padrão ouro), pela extração do material genético (DNA) e a subsequente análise do genoma (metagenômica), ou ainda através das proteínas e suas diferentes formas (proteômica). Um recente estudo, usando a técnica da proteômica, identificou 22 cepas presentes em 10 amostras de queijos artesanais produzidos e comercializados no Vale do Taquari, Rio Grande do Sul. Uma (1) amostra apresentou o patógeno Staphylococcus aureus, duas a presença da bactéria ácido láctica (Lactococcus lactis) e a grande maioria (68,18%) das cepas era composta por espécies da família Enterobacteriaceae, com prevalência dos gêneros Escherichia, Enterobacter e Klebsiella. Escherichia coli estava presente em 50% das amostras analisadas.

Recentemente, o queijo colonial artesanal foi regulamentado no Estado do Rio Grande do Sul. A ideia deste regulamento é uma forma de criar uma padronização para atender a parâmetros pré-determinados, o que inclui a sanidade, qualidade e as boas práticas, como forma de proteger a produção do queijo colonial artesanal. Além disso, o Ministério da Agricultura e Pecuária (Mapa) criou o Selo do Queijo Artesanal que foi idealizado para assegurar que o produto alimentício de origem animal tenha integridade, com características tradicionais, regionais e culturais.

Isso demonstra a necessidade de um maior controle durante todas as etapas de produção desse tipo de queijo, bem como a avaliação da matéria-prima, incluindo práticas seguras durante a ordenha para que o produto atenda aos parâmetros de identidade e qualidade, sendo apto ao consumo humano.

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