O Laboratório de Fisiologia do Exercício iniciou suas atividades em 2015, com o objetivo de servir de apoio e complemento a atividades teórico-práticas dos cursos da Univates relacionadas à saúde e ao esporte. Atualmente o setor realiza a avaliação de diferentes componentes da aptidão física relacionados à saúde e ao esporte, tanto de usuários das modalidades do Complexo Esportivo quanto da comunidade, e o teste ergométrico, visando a atender às demandas do Ambulatório de Especialidades Médicas.

Em outubro de 2018 deu-se início ao projeto que visa à prescrição de exercício físico a indivíduos que possuem alguma doença crônica não transmissível e/ou limitações osteomioarticulares. O Programa de Prescrição de Exercício à População Especial (PPEPE) tem o objetivo de proporcionar melhor condição física, mental e social ao usuário, utilizando a infraestrutura do Laboratório de Fisiologia do Exercício e do Complexo Esportivo.