O surgimento do MCN deu-se a partir da necessidade de alocar e organizar materiais provenientes de acervos didáticos utilizados em disciplinas de Zoologia, Botânica e Geologia, por meados de 1989. Esse material passou a constituir de modo informal, as atuais coleções didáticas do Museu de Ciências da Universidade do Vale do Taquari - Univates (MCN/UNIVATES). Esta informalidade manteve-se por 10 anos, período em que o MCN esteve alojado em instalações com espaço reduzido.

O MCN/UNIVATES teve seu estatuto aprovado oficialmente em 04 de maio de 2000, mas, à época, ainda não contava com espaço físico para acomodar sua equipe de trabalho, seu acervo, e atender à crescente demanda de serviços técnicos, de pesquisa, educativos e informativos.

No ano de 2004 ganhou espaço para alocar sua atual estrutura. Atualmente está localizado no subsolo do prédio 8, possui área aproximada de 1.000 m², na qual estão localizados a sala de exposição, gabinetes de pesquisadores, laboratórios de pesquisa, salas de coleções, sala de preparação e manutenção do acervo.

A atual infraestrutura permite atender de forma modesta, mas satisfatória, as necessidades da comunidade em geral, bem como das atividades didáticas dos cursos de graduação.