O laboratório de Botânica do Museu de Ciências está instalado no prédio 21 da Univates. É coordenado pela professora Dra. Elisete Maria de Freitas, vinculado aos cursos de Ciências Biológicas e aos programas de Pós-Graduação em Biotecnologia (PPGBiotec) e em Sistemas Ambientais Sustentáveis (PPGSAS). O Laboratório de Botânica também integra os laboratórios do Parque Científico e Tecnológico Univates, o Tecnovates.

No laboratório de Botânica do Museu de Ciências da Univates são realizadas pesquisas nas áreas de ecologia de comunidades vegetais campestres e florestais, recuperação de áreas degradadas, espécies vegetais invasoras, alelopatia e propagação vegetativa de espécies nativas que apresentam potencial para exploração econômica (diferentes possibilidades de exploração sustentável) e ambiental. As espécies selecionadas para os testes de propagação são, em geral, pertencentes à lista das Plantas Alimentícias Não Convencionais (PANC), que apresentam potencial para extração do óleo essencial para diferentes fins ou para o uso como medicinal e ornamental.

Para o desenvolvimento das metodologias de propagação de plantas, são realizados experimentos em laboratório e em casas de vegetação, visando a obtenção de mudas de qualidade, em grande quantidade e livres de doenças. Acredita-se que desta forma é possível contribuir para a diversificação das atividades em pequenas propriedades rurais que são, na região do Vale do Taquari, fundamentadas na agricultura familiar. Além de atender uma nova tendência do mercado, que está fundamentada nos princípios de uma vida mais saudável, as pesquisas contribuem para a valorização e a preservação da biodiversidade.

Atualmente, estão sendo iniciados estudos de alelopatia e agroecologia. Os estudos de alelopatia são realizados com espécies nativas e exóticas no intuito de identificar substâncias que possam atuar no controle das espécies invasoras. E ainda, de verificar se estas têm influenciado negativamente na germinação e no crescimento de espécies nativas, prejudicando a diversidade biológica dos ecossistemas naturais através da promoção da sua redução e da consequente, homogeneização dos ecossistemas..