As Coleções Biológicas são caracterizadas por serem repositórios de espécies, partes destas e/ou artigos associados como: pegadas, vestígios, ninhos, sementes, flores, pólen, impressões paleontológicas, entre outros e a Coleção Arqueológica, que compreende as evidências de ocupações humanas pré-coloniais e coloniais, fazem o conjunto de coleções científicas do Museu de Ciências da UNIVATES (MCN/UNIVATES).
A manutenção dessas coleções valida as pesquisas científicas nas diversas áreas do conhecimento, como, por exemplo, da distribuição da diversidade silvestre de fauna, flora e fungos, da agricultura, da saúde, da indústria, da compreensão da evolução da vida no planeta, da modelagem dos cenários atuais e do passado arqueológico e paleontológico, dentre outras.
Coleções arqueológicas
Composto por coleções de cerâmica indígena, coleções de líticos, coleção de arqueofauna e coleção de artefatos do período colonial.
Coleção paleontológica
Reúne material variado, como folhas, caules, troncos, carvão vegetal macroscópico, peixes, além de réplicas de animais e vegetais.
Coleção botânica - Herbário
Apresenta a diversidade vegetal regional pertencente ao Bioma Mata Atlântica e à formação fitoecológica Floresta Estacional Decidual.
Coleção zoológica
Constituída por acervos das tipologias didática e científica, em que as espécies ocorrentes no Sul do Brasil são as de maior destaque.
Coleções Históricas Regionais
Reúne acervo da história regional e institucional, como livros, fotografias, documentos manuscritos e jornais.