As principais linhas de pesquisa do laboratório de Acarologia são Biotecnologia na produção primária de alimentos, tecnologia e ambiente, ecologia, bases ecológicas para o licenciamento ambiental e eficiência produtiva na agroindústria.
O laboratório de Arqueologia do Museu de Ciências da Univates tem como foco principal o projeto de pesquisa “Arqueologia, História Ambiental e Etno-história do Rio Grande do Sul.
No laboratório de Botânica são realizadas pesquisas nas áreas de ecologia vegetal e propagação de plantas.
A linha de atuação do laboratório de Ecologia e Evolução do Museu de Ciências da Univates compreende o estudo da dinâmica populacional de taxocenoses animais e ecologia de comunidades.
O laboratório de Paleobotânica e Evolução de Biomas do Museu de Ciências da Univates, tem como foco principal o estudo de carvão vegetal macroscópico (charcoal) como indicativo direto da ocorrência de paleoincêndios vegetacionais durante o Tempo Geológico.